פרופ' שלומי כהן בוגר הפקולטה לרפואה באוניברסיטה העברית בירושלים. את ההתמחות בילדים ובהמשך במחלות דרכי העיכול בילדים ( גסטרו ילדים ) ביצע בביה"ח "דנה-דואק" לילדים באיכילוב. בסיום התמחות-העל, החל לעבוד כרופא בכיר ובמהירות הפך למנהל מכון הגסטרו ילדים של בית החולים.

מבחינת אקדמית, פרופ' כהן נמנה על סגל המרצים של הפקולטה לרפואה באוניברסיטת תל אביב. במסגרת תפקידו, פרופ' כהן מרצה לסטודנטים לרפואה בשנים הקליניות, מהווה מנטור לעבודות מחקר ולעבודות גמר של הסטודנטים בפקולטה.

פעילותו המחקרית של פרופ' כהן נוגעת בכל תחומי הגסטרו ילדים לדוגמא מחקרים בתחום מחלות מעי דלקתיות, צליאק, תזונה ותסמונות פוליפים בילדים.

מחקרים אלו מתפרסמים בעיתונים רפואיים מובילים, ואף מוצגים בכנסים בינלאומיים רבים בעולם.

כל זאת בנוסף לפעילות הקלינית ארוכת השנים של אבחון וטיפול בתינוקות, ילדים ומתבגרים עם מחלות גסטרו שונות במסגרת מרפאות בית החולים ובקהילה .